Les thèses OMER​

Adam Contu

Promo 2025

À l’heure de la transition énergétique, les métaux critiques désormais accessibles dans les fonds marins suscitent de forts intérêts. Ce projet de thèse interroge la gouvernance de ces ressources situées au-delà des juridictions nationales. Aujourd’hui, cette gouvernance s’articule autour d’une opposition entre ceux qui souhaitent interdire l’exploitation minière des fonds marins et ceux qui souhaitent valoriser les ressources disponibles. Deux paradoxes structurent cette recherche : pourquoi certains États renoncent-ils à l’exploitation malgré une forte dépendance à ces ressources ? Et pourquoi, en dépit des tensions diplomatiques, de la militarisation croissante et des rivalités territoriales, les fonds marins présentent-ils un faible niveau de conflit ? Pour y réponde, ce projet mobilise trois hypothèses : une approche socioconstructiviste, qui postule que l’évolution des normes environnementales façonne la coopération et redéfinit les rapports de force ; une lecture néoréaliste, où la gouvernance actuelle s’explique par des rivalités interétatiques et des intérêts stratégiques asymétriques ; et une perspective libérale institutionnaliste, qui met en avant le rôle de l’Autorité internationale des fonds marins dans l’arbitrage entre exploitation et conservation. Cette recherche repose sur un ensemble de méthodes issu de la sociologie des relations internationales et des négociations. En s’appuyant sur des enquêtes ethnographiques au sein de l’AIFM et des forums onusiens, ce projet ambitionne d’éclairer la conflictualisation émergente des fonds marins. Décrypter les relations qu’entretiennent les acteurs qui souhaitent les exploiter est primordial pour assurer leur durabilité.

Thèse encadrée par Carola Klöck (SciencesPo, CERI – UMR7050) et Mélanie Albaret (Université Clermont Auvergne, Centre Michel de l’Hospital).

Jade Hargous

Promo 2025

Des observations récentes de pêcheurs polynésiens rapportent une augmentation des occurrences du Tough Fish Syndrome (TFS) – caractérisé par un durcissement de la chair du poisson lors de la cuisson – que ce soit en termes de nombre d’individus affectés ou encore d’espèces concernées. Les pêcheurs polynésiens distinguent différents stades de durcissement : du poisson pa’eta’eta qui reste consommable, au poisson ma’e’e impropre à la consommation. La variation de la susceptibilité des individus d’une même espèce à être affectés par le phénomène suscite de nombreuses interrogations. La taille des individus est un facteur souvent cité par les pêcheurs, qui privilégient la pêche de petits individus. Cette sélectivité accrue a une conséquence immédiate sur la gestion des stocks halieutiques, et accentue l’urgence de mieux comprendre le phénomène. Si différents facteurs ont été corrélés aux individus affectés par le TFS par scientifiques et pêcheurs, il n’existe pas encore de consensus quant aux causes précises de ce phénomène, sinon qu’elles sont complexes et multiples.

Né d’une volonté de la part des pêcheurs de mieux comprendre le TFS pour répondre tant aux enjeux de pêche durable qu’à des préoccupations relatives à son expansion, ce projet répond à des attentes sociétales. Il associe, d’une part, une approche ethno-écologique afin d’intégrer les savoirs écologiques locaux dans l’identification des facteurs associés au TFS et dans la stratégie d’échantillonnage et, de l’autre, des analyses des caractères morphologiques, biologiques et chimiques de poissons échantillonnés à Mo’orea en Polynésie française. Cette approche interdisciplinaire a pour objectif (i) d’identifier les facteurs associés au TFS afin de permettre (ii) de corréler la distribution du syndrome aux caractéristiques morphologiques, biologiques, chimiques et sociales des milieux d’occurrence en Polynésie Française et (iii) de prédire sa distribution spatiale et temporelle.

Thèse encadrée par Valeriano Parravicini (EPHE, CRIOBE – UAR 3278) et Jean Wencelius (CNRS, CRIOBE – UAR 3278).

Nicolas Joffre

Promo 2025

Le transport de micro-organismes dans des milieux poreux est au cœur de nombreuses questions environnementales. Ainsi, des mousses marines très stables apparaissent sur certains littoraux sous l’effet de l’agitation des vagues, et sont susceptibles de retenir le phytoplancton. Quelles sont les conséquences de ces mousses sur l’environnement marin, à l’échelle de l’écosystème et à l’échelle des micro-organismes ? Cette thèse se concentre sur le sort de micro-algues fusiformes : les diatomées pennées fréquemment rencontrées en zone côtière, dont la forme est proche de celle d’une fibre.

Une mousse est soumise au drainage gravitaire : le liquide s’écoule dans un réseau de microcanaux, transportant les particules présentes. Dans le cas de diatomées fusiformes, on s’attend à ce que leur anisotropie de forme conduise à des comportements hydrodynamiques complexes, modifiant leur transport par rapport à des particules sphériques de même taille, et entraînant une rétention propre à ces espèces. En outre, le stress hydrodynamique pourrait affecter leur métabolisme, notamment leur photosynthèse.

Des expériences modèles contrôlées seront réalisées en laboratoire pour quantifier et modéliser la sédimentation et le blocage de diatomées pennées dans la mousse lors du drainage gravitaire. Les études seront menées à toutes les échelles pertinentes du système (échelle de la mousse, de la bulle et de la diatomée) pour décrire cette dynamique. La fibre étant une bonne approximation pour les diatomées fusiformes, ce travail aura pour perspective l’étude de la rétention de fibres plastiques dans les mousses, ouvrant la voie à l’application des mousses marines à la dépollution du milieu marin.

À la croisée de la biologie des micro-organismes marins, de la physique de la matière molle (mousses liquides) et de la mécanique des fluides (hydrodynamique de suspensions de fibres), cette thèse fortement interdisciplinaire bénéficie de l’expertise des co-encadrants dans les trois disciplines impliquées.

Thèse encadrée par Florence Elias (Université Paris Cité, PMMH – UMR 7636), Benjamin Bailleul (CNRS, P3M – UMR 7141et AD2M – UMR 7144) et Anne Mongruel (Sorbonne Université, PMMH – UMR 7636).

Garance Lefevre

Promo 2025

Le sujet de thèse concerne la conception de revêtements réticulés hydrophiles afin de proposer une surface ultra-molle, hautement hydratée, résistants aux contraintes mécaniques et empêchant l’adhésion d’organismes marins par une approche originale de surface hétérogène et sans impact sur l’environnement. La stratégie est basée sur des exopolysaccharides bactériens. La thèse permettra de disposer de revêtements aux propriétés mécaniques variables et de développer et valider des outils de caractérisation spécifique à l’étude de ces revêtements. Elle devra répondre aux questions suivantes : 1) Quel est l’impact des propriétés physico-chimiques, topographiques et viscoélastiques de ces surfaces hydrophiles hydratées sur les interactions établies avec des organismes marins ? 2) Les propriétés du revêtement permet-elle une activité FR efficace ? 3) Les revêtements sont-ils pertinents en termes de stabilité et de performances sur une longue période d’immersion ?

Thèse dirigée par  Fabienne Faÿ (Université Bretagne Sud, Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines – EMR 6076) et codirigée par Agustin Rios De Anda (Université Paris-Est Créteil, Institut de Chimie et des Matériaux Paris-Est – UMR 7182)

En lien avec l’axe 4 et les goupes de travail POMAR et EcOSEM

Thomas Barbedette-Gérard

Promo 2025

Le projet vise à fournir aux acteurs de la gouvernance en mer une plateforme de scénarisation des effets des changements de l’environnement et des activités humaines sur les oiseaux marins. Le projet capitalise sur des simulateurs par intelligence artificielle du comportement individuel des oiseaux marins actuellement en cours de développement. La thèse propose de développer un cadre méthodologique de mise à l’échelle populationnelle des
résultats de ces modèles individu-centrés. Pour y répondre, nous proposons une nouvelle collaboration interdisciplinaire, issue de discussions initiées lors des journées OMER, entre deux équipes n’ayant jamais collaboré auparavant sur ces sujets (IRD Marbec / LS2N), et entre deux disciplines (Écologie des oiseaux marins/ Modélisation et analyse de modèles numériques) ayant à ce jour trop peu d’interactions. Les contributions de cette thèse seront bi-disciplinaires et permettront des avancées scientifiques dans les deux disciplines impliquées. Les contraintes et spécificités des modèles issus de l’écologie des oiseaux marins nécessiteront le développement de nouvelles méthodes de modélisation et d’analyse de modèles.

Thèse encadrée par Sophie Lanco (IRD, MARBEC – UMR9190) et Benoît Delahaye (Nantes Université, LS2N – UMR6004).

Eva Bénard

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Les amplitudes de recul des traits de côte aquitains, très marquées sur les dernières décennies, pointent un lien direct avec la dynamique climatique et océanique de l’hémisphère nord et nécessitent de raffiner les modèles conceptuels de fonctionnements hydromorphosédimentaires jusqu’alors utilisés sur les marges. De meilleures connaissances sur les contextes d’évolution climatique de ces secteurs sont en effet nécessaires au-delà du jeu limité des données issues des mesures instrumentales. Le projet de thèse proposé ambitionne de reconstituer une chronique détaillée d’évolution des paramètres hydroclimatiques de la marge aquitaine sur la base d’une approche couplant l’étude d’archives sédimentaires marines et l’étude des registres historiques. La profondeur temporelle nécessaire pour ces reconstitutions doit couvrir à minima plusieurs siècles voire millénaires pour permettre de s’éloigner des périodes les plus impactées par les changements de l’Anthropocène. Cette investigation historique sera un moyen d’étoffer les connaissances sur les gammes et modes de variabilité des paramètres océaniques en lien avec les forçages climatiques commandant la dynamique hydromorphosédimentaire de la marge aquitaine et les modifications paysagères du continent et des littoraux adjacents.

Thèse encadrée par Frédérique Eynaud (Université de Bordeaux, EPOC – UMR5805) et Thierry Sauzeau (Université de Poitiers, Laboratoire Criham).

Théo Eychenne

Promo 2025

Face au changement climatique et à la surexploitation des ressources marines, il devient urgent de développer des stratégies de conservation plus efficaces et inclusives des populations locales. Ce projet interdisciplinaire vise à concilier les savoirs scientifiques et locaux des communautés pour une gestion durable des écosystèmes marins de l’océan Indien occidental. Nous proposons de combiner à la fois des outils scientifiques innovants, comme l’ADN environnemental (ADNe), et les savoirs locaux pour répondre à deux objectifs majeurs. Tout d’abord, améliorer la compréhension de la biodiversité marine et la pluralité de ses valeurs (économiques, socioculturelles et écologiques) et ensuite, identifier les zones prioritaires de conservation contribuant à renforcer la résilience des socio-écosystèmes marins.

Thèse encadrée par Thomas Lamy (IRD, MARBEC – UMR9190),  Georgeta Stoïca (Université de Mayotte, Laboratoire ICARE) et Céline Reisser (IFREMER, MARBEC – UMR9190).

Ivan Girault

Promo 2025

Le méthane (CH4), la plus simple des molécules organiques, joue un rôle central dans le cycle du carbone des systèmes hydrothermaux sous-marins. Des substrats basaltiques froids aux cheminées hydrothermales, les Archées méthanogènes, micro-organismes producteurs de
méthane, sont présentes dans ces environnements. Cependant, il est difficile de distinguer la méthanogenèse microbienne de la synthèse abiotique, toutes deux alimentées par l’hydrogène (H2) issu de la serpentinisation, dans le bilan du CH4. Ce projet vise à explorer les facteurs biologiques et physico-chimiques qui influencent les signatures isotopiques du méthane en conditions hydrothermales, en utilisant (1) des incubations de souches méthanogènes sous haute pression et température, et (2) l’étude des communautés microbiennes in situ, dans des fluides hydrothermaux profonds et chauds. Ce projet interdisciplinaire associe géochimie, microbiologie et thermodynamique, en s’appuyant sur la culture hyperbare, des analyses isotopiques innovantes et des prélèvements marins profonds. Il permettra de générer des biosignatures inédites du méthane aux limites thermiques de la vie et de mieux contraindre les processus abiotiques et biotiques impactant le cycle du carbone à l’interface lithosphère-océan.

Thèse encadrée par Thomas Giunta (IFREMER, Geo-Ocean – UMR6538), Laurent Toffin (IFREMER, BEEP – UMR 6197) et Erwan Roussel (IFREMER, BEEP – UMR 6197).

Raffi Shakhmuradian

Promo 2025

Dans un océan mondial qui se réchauffe, l’identification des effecteurs moléculaires de la production primaire d’algues est de plus en plus importante pour comprendre les processus mondiaux du cycle du carbone. Les dinoflagellés sont de loin le groupe d’algues le moins bien compris d’un point de vue moléculaire. Ils jouent des rôles complexes et importants en tant que phototrophes, mixotrophes, symbiotes des coraux et agents responsables des efflorescences algales nuisibles (HAB), mais pour lesquels il n’existe historiquement aucun modèle expérimental réalisable. DinoPlast cherche à construire des réseaux métaboliques pour quatre espèces de dinoflagellés (Amphidinium, Lepidodinium, Karlodinium et Lingualax) en tant que modèles moléculaires des processus qui soutiennent le chloroplaste des dinoflagellés, en établissant un pont entre des vues complémentaires du profilage translationnel et de la physiologie et les écosystèmes océaniques globaux. Les objectifs clés comprennent l’établissement de RiboSeq comme quantification de l’expression génique pour les quatre espèces ; l’évaluation des changements dans l’expression du métabolisme associé au plaste dans chaque espèce à travers sa niche thermique ; et l’évaluation physiologique de la position trophique (phototrophie, mixotrophie) et de la toxicité dans chaque souche pour déduire leurs contributions probables à l’écosystème dans un futur océan plus chaud.

Thèse encadrée par Richard Dorrell (CNRS, CQSB – UMR7238) et Thomas Lacour (IFREMER, PHYSALG).