Les thèses OMER​

Océane Thibault

Cette thèse s’inscrit dans le contexte de développement de l’éolien offshore flottant en France. Elle se penche sur la durabilité des structures des éoliennes en mer, notamment en lien avec la corrosion provoquée par les biofilms formés par microorganismes marins. L’objectif est de caractériser la colonisation des matériaux de construction par les microorganismes marins et d’évaluer leurs impacts, en couplant expériences en laboratoire, analyses chimiques et moléculaires, observations microscopiques et recherche de solutions biomimétiques pour les protéger. Ces travaux contribuent à créer des synergies multidisciplinaires pour résoudre les défis environnementaux soulevés par le développement de l’éolien en mer.

Thèse dirigée par Raphaël Lami (Sorbonne Université, LBBM – UAR 3579) et codirigée par Benjamin Erable (Université Toulouse III – Paul Sabatier, LGC – UMR 5503).

En lien avec les axes 1 et 4, et les groupes de travail POETE et EcOSEM.

Eva Agranier

Cette thèse propose à partir d’une approche pluridisciplinaire de développer un instrument de mesure pour le suivi in-situ en continu des abondances de taxons bactériens spécifiques à l’aide d’un biocapteur automatisé. Ce projet s’appuie sur deux piliers fondamentaux : une procédure moléculaire d’identification génétique d’un taxon bactérien dans l’environnement, et le développement d’une plateforme microfluidique automatisée munie d’un nouveau type de dispenseur permettant la délivrance de micro-volumes calibrés de plusieurs réactifs de façon parallèle. L’association de ces deux piliers permet d’envisager la réalisation d’un instrument de mesure déployable in-situ dans la colonne d’eau pour un suivi continu de taxons bactériens d’intérêt.

Thèse dirigée par Vincent Raimbault (CNRS, LAAS – UPR 8001) et codirigée par Julia Baudart (Sorbonne Université, LBBM – USR 3579).

En lien avec l’axe 2 et les groupes de travail NO3 et OceNum.

Madeleine Eyraud

Le fonctionnement des écosystèmes marins est la résultante de nombreuses interactions entre espèces. Ces interactions déterminent directement ou indirectement certains services comme la régulation du climat, l’approvisionnement en produits marins, ou encore la régulation de la qualité des eaux côtières. Comprendre ces interactions est donc une clef pour déterminer la trajectoire de tels écosystèmes sous l’influence du changement global. À partir de données d’échantillonnage existantes, cette thèse a pour but de proposer une méthode de construction automatique de modèles d’interactions entre espèces. Pour cela, l’approche privilégiée sera Learning From Interpretation Transition (LFIT), une collection d’algorithmes d’apprentissage logique permettant de produire des programmes logiques à partir d’observations, tout en assurant leur explicabilité. À partir de ces programmes logiques, il faudra extraire un réseau de réaction permettant d’étudier les comportements des espèces.

Thèse dirigée par Cédric Lhoussaine (Université de Lille, CRIStAL – UMR 9189) et codirigée par Sébastien Lefebvre (Université de Lille, LOG – UMR 8187).

En lien avec l’axe 3 et le groupe de travail OceNum.

Paul Buquet

Cette thèse au caractère interdisciplinaire (entre géographie, études cinématographiques et anthropologie des techniques), se consacrera aux représentations cinématographiques des grands fonds océaniques, dont l’une des particularités est que la masse d’eau, comme les fonds eux-mêmes, ont été incomplètement explorés, sont quasiment inatteignables pour le commun des mortels, et donc difficiles à « faire voir » (ou entendre). Ils demeurent pour nos sociétés des paysages flous dont la construction est puissamment tributaire des imaginaires culturels, comme des apports scientifiques et des médiations technologiques. C’est ce lien entre investigation scientifique et élaborations imaginaires que ce projet de thèse ambitionne d’étudier.

Thèse dirigée par Laurence Le Dû (Université Rennes 2, ESO-Rennes – UMR 6590) et Éric Thouvenel (Université Paris-Nanterre, HAR – EA 4414).

En lien avec l’axe 1 et le groupe de travail OPS.

Benjamin Orban

Le projet CONTEPAV porte sur les contaminations potentielles et les relargages de contaminants dans les écosystèmes marins par des épaves de navires militaires dans la Manche datant de la Seconde guerre mondiale. Les objectifs sont de caractériser les relargages de contaminants et leurs variations spatio-temporelles, pour permettre de déterminer l’impact environnemental de ces vestiges. CONTEPAV repose sur une stratégie d’échantillonnage basée sur le couplage de différentes méthodes de surveillance chimiques des milieux aquatiques, appliquées sur différentes matrices environnementales : prélèvements de sédiments par carottage, pose de capteurs passifs (DGT, POCIS, SPMD), déploiement de stations artificielles de moules. Cette stratégie permettra de dégager des données temporelles et spatiales sur les cinétiques de relargages de contaminants par des épaves.

Doctorat dirigé par Gaëlle Dieulefet (Nantes Université, CReAAH – UMR 6566) et codirigé par Laurence Poirier (Nantes Université, ISOMer – UR 2160)

En lien avec l’axe 2 et le groupe de travail O2P

Mathieu Huyez

L’Etat de Madagascar est le pays d’Afrique orientale le plus exposé aux cyclones, mais, de façon paradoxale, Il existe très peu d’études sur l’évolution des niveaux extrêmes dans cette région de l’océan Indien. Une des raisons principales réside dans la faible quantité d’informations historiques collectées et analysées. Or la perspective historique permettrait de mieux appréhender les changements climatiques actuels. Ce sujet de thèse s’articule entre les disciplines de l’histoire environnementale, de la géographie et de l’océanographie côtière sur un territoire vulnérable. L’exploitation des différentes sources de données anciennes servira à reconstruire les conditions environnementales passées, à quantifier le passage des cyclones dans le sud-ouest de l’océan Indien sur les deux derniers siècles et à renseigner sur les changements à venir. Ce sujet invitera également à s’interroger sur les rapports entre événements extrêmes et sociétés littorales.

Thèse dirigée par Bruno Marnot (Université de la Rochelle, LIENSs – UMR 7266) et codirigée par Matthieu Le Duff (CUFR de Mayotte, Espace-Dev – UMR 228).

En lien avec l’axe 2, les groupes de travail PHO et ELNM.

Ambre Mbaki

Le sujet de thèse concerne la conception de revêtements réticulés hydrophiles afin de proposer une surface ultra-molle, hautement hydratée, résistants aux contraintes mécaniques et empêchant l’adhésion d’organismes marins par une approche originale de surface hétérogène et sans impact sur l’environnement. La stratégie est basée sur des exopolysaccharides bactériens. La thèse permettra de disposer de revêtements aux propriétés mécaniques variables et de développer et valider des outils de caractérisation spécifique à l’étude de ces revêtements. Elle devra répondre aux questions suivantes : 1) Quel est l’impact des propriétés physico-chimiques, topographiques et viscoélastiques de ces surfaces hydrophiles hydratées sur les interactions établies avec des organismes marins ? 2) Les propriétés du revêtement permet-elle une activité FR efficace ? 3) Les revêtements sont-ils pertinents en termes de stabilité et de performances sur une longue période d’immersion ?

Thèse dirigée par  Fabienne Faÿ (Université Bretagne Sud, Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines – EMR 6076) et codirigée par Agustin Rios De Anda (Université Paris-Est Créteil, Institut de Chimie et des Matériaux Paris-Est – UMR 7182)

En lien avec l’axe 4 et les goupes de travail POMAR et EcOSEM

Clémentin Deniau

Dans le cadre de travaux de recherches interdisciplinaires portée par l’Observatoire Hommes-Milieux Littoral Caraïbe et réalisé sur l’archipel de la Guadeloupe, la thèse consistera à réaliser des analyses sur les impacts potentiels des activités portuaires et du trafic maritime sur la résilience de la microcouche de surface face. Ces études reposeront dans un premier temps sur la production d’une typologie portuaire au regard de leurs fonctions et de leur trafic, qui permettra de définir une stratégie d’échantillonnage. La diversité et la richesse dans et aux abords des espaces portuaires, des communautés de microorganismes de la microcouche de surface seront comparées à celles présentes dans la couche sous-jacente. Les caractéristiques physicochimiques et la présence de polluants éventuels seront aussi étudiés. Dans un contexte de protection et d’une meilleure gestion environnementale pour le milieu marin, ces travaux permettront d’apporter des informations nouvelles sur les spécificités des communautés de microorganismes à l’interface air-eau au sein d’espaces portuaires. Ces enjeux, qui nous semblent encore insuffisamment considérés, devraient à terme permettre de proposer des outils d’aide au développement raisonné des activités maritimes.

Thèse encadrée par Pascal Jean-Lopez (Muséum national d’histoire naturelle, BOREA – UMR 8067) et Iwan Le Berre (Institut Universitaire Européen de la Mer, LETG – UMR 6554).

En lien avec l’axe 2 et le GT POMAR.